Ενώ οι MCU είναι Εκδικητές: Πόλεμος απείρου και Εκδικητές: Τέλος παιχνιδιού ένωσαν τους ήρωες της Marvel σε δύο από τους μεγαλύτερους blockbusters ποτέ, Captain America: Εμφύλιος πόλεμος έκανε το αντίθετο χωρίζοντας την ομάδα σε δύο αντίπαλες ομάδες. Σχεδόν κάθε Avenger που ήταν παρόν στο MCU εκείνη την εποχή (εκτός από τους Thor και Hulk) εμφανίστηκε στην ταινία , αλλά λίγοι από αυτούς τους ήρωες απουσίαζαν από την αρχική εκδήλωση κόμικς.
Ακολουθεί μια λίστα με το ποιος απουσίαζε από την έκδοση του κόμικ του Εμφύλιος πόλεμος , μαζί με τους λόγους της απουσίας τους.
Hawkeye

Στην ταινία, ο Clint Barton είχε αποσυρθεί από την καταπολέμηση του εγκλήματος, αλλά απάντησε στο κάλεσμα του Captain America χωρίς αμφιβολία. Ο αντίστοιχος κόμικς του ήταν σε πολύ διαφορετικό μέρος τη στιγμή του Εμφύλιος πόλεμος. Μετά τα γεγονότα του Σπίτι του Μ , που είδε τον Scarlet Witch να αλλάζει την πραγματικότητα και μετά να το επαναφέρει μόνο για να εξαλείψει το 90% όλων των μεταλλαγμένων, πιστεύεται ότι ο Hawkeye σκοτώθηκε Ωστόσο, ο Κλιντ επέστρεψε στην πραγματικότητα όταν η Σκάρλετ Μάγισσα αποκατέστησε την πραγματικότητα. Κατά τη διάρκεια των γεγονότων του εμφυλίου πολέμου, ο Κλίντ ζούσε με την Scarlet Witch.
Scarlet Μάγισσα

Μετά τις ενέργειές της στο Εκδικητές: Αποσυναρμολογημένο και Σπίτι του Μ Η Wanda έγινε αμνηστικός που ζούσε στο μικρό χωριό Transia κοντά στο βουνό Wundagore, όπου πίστευε ότι είχε ζήσει όλη της τη ζωή με τη θεία της Agatha. Αυτή και η Hawkeye ανέπτυξαν μια οικεία σχέση, αν και σύντομα θα φύγει για να γίνει Ronin.
Οραμα

Κατά τη διάρκεια των εκδηλώσεων του Εκδικητές: Αποσυναρμολογημένο Το όραμα έχασε τον έλεγχο του σώματός του, απελευθέρωσε τέσσερις σφαίρες που θα γίνονταν νέες εκδόσεις του Ultron και έπειτα έλιωσε. Οι αναμνήσεις του ενσωματώθηκαν σε μια συναισθηματική έκδοση της πανοπλίας Iron Lad του Kang και έγιναν «Jonas». Αυτή η νεότερη έκδοση του Vision ήταν η δική του οντότητα που πολεμούσε παράλληλα με τους Young Avengers.
Αντ-Μαν (Scott Lang)

Οι επιπτώσεις της καταστροφής της Scarlet Witch στο Εκδικητές: Αποσυναρμολογημένο και Σπίτι του Μ ήταν εκτεταμένες, καθώς η καταστροφή του Avengers Mansion πιστεύεται ότι σκότωσε τον Scott Lang, γνωστό και ως Ant-Man. Στην πραγματικότητα, ο Λανγκ ματαιώθηκε από το αρχοντικό πριν από την καταστροφή του από την κόρη του Κάσι Λανγκ και τους Νέους Εκδικητές. Η ομάδα τον πήρε στο μέλλον, αφήνοντας τους εκδικητές εκείνης της εποχής να πιστεύουν ότι είχε χάσει με το αρχοντικό.
Χειμώνας στρατιώτης

Παρά τον κεντρικό του ρόλο στην έκδοση του MCU του Εμφύλιος πόλεμος, ο Winter Soldier δεν ήταν καθόλου παρών στο κόμικ. Αφού βοήθησε τον Captain America να αντιμετωπίσει μια τρομοκρατική επίθεση στο Λονδίνο, ο Μπάκι έφυγε αντί να αντιμετωπίσει τον παλιό του μέντορα και ζήτησε τη δουλειά του Νικ Φιούρι. Κατά τη διάρκεια του πολέμου, ο Μπάκι εργαζόταν μυστικός για τον Φιούρι, αλλά σχεδίαζε να βοηθήσει τον Καπετάν Αμερική να δραπετεύσει μετά την παράδοσή του που τερμάτισε τον εμφύλιο πόλεμο. Ωστόσο, ο Captain America δολοφονήθηκε και ο Bucky έκλεψε την ασπίδα του Cap από τον Tony Stark και ανέλαβε το μανδύα του Captain America.
Όχι μόνο το καστ των ηρώων στην ταινία και το κόμικ ήταν διαφορετικό, αλλά και τα γεγονότα που συνέβησαν πριν και μετά και τους δύο εμφύλιους πολέμους είναι επίσης δραστικά διαφορετικά. Στα κόμικς, οι ενέργειες της Scarlet Witch προκάλεσαν την απουσία του εαυτού της και τριών άλλων ηρώων των οποίων η παρουσία μπορεί να άλλαξε το αποτέλεσμα της εκδήλωσης. Στην ταινία, η Scarlet Witch μαθαίνει απλώς την έκταση των δυνάμεών της και δεν έχει βλάβη παρά πολύ καιρό μετά τα γεγονότα της Εμφύλιος πόλεμος . Επίσης, στην ταινία όλοι αυτοί οι ήρωες, εκτός από το Vision, πολέμησαν στο πλευρό του Captain America. Είναι αδύνατο να γνωρίζουμε με βεβαιότητα, αλλά αυτός μπορεί να είναι ο λόγος για τον οποίο το καπάκι του MCU δεν έληξε πρόωρα στο τέλος της εκδήλωσης, όπως το αντίστοιχο του κόμικς.